Höhlenpflanzen
Alle grünen Pflanzen brauchen Licht. Im Eingangsbereich der Höhlen gibt es eine "Schattenflora", im dunklen Höhlenraum jedoch nur Pilze, wo für diese ein nährstoffhaltiges Substrat vorhanden ist (eingewehtes Laub, eingeschwemmtes Holz). In der Hermannshöhle haben das Holz der Wegeinbauten und die elektrische Beleuchtung die Höhle "belebt". Wir finden ausgedehnte Pilzrasen und in der Nähe der Lampen Algen, Moose und Farne, die jedoch auf Grund der besonderen Bedingungen z.T. spezielle Formen ausbilden. Für Blütenpflanzen ist das Licht zu schwach.
Höhlenschutz
Schon am 3.6.1931 wurde die HERMANNSHÖHLE wegen ihrer Eigenart und ihrer naturwissenschaftlichen Bedeutung auf Grund eines Bundes-Naturhöhlengesetzes zum "Naturdenkmal" erklärt. Das nunmehr gültige Höhlenschutzgesetz des Bundeslandes Niederösterreich gibt ihr den Status einer "besonders geschützten Höhle".
Höhlentiere
Die Tierwelt der Höhlen wird in "echte" Höhlentiere, die Anpassungen an den unterirdischen lichtlosen Raum aufweisen, "höhlenliebende" (regelmäßige Gäste) und "höhlenfremde" die nur zufällig in die Höhle gelangten, eingeteilt.
An echten Höhlentieren finden wir in der Hermannshöhle einen Doppelschwanz aus der Gattung Plusiocampa, zwei kleine Gliederfüßler, Neobisium hermanni und Onychiurus arminiarius, sowie das Grundwassertier Bathynella natans, einen 1,5 mm langen Krebs.
Als regelmäßige Gäste sind die blinde Assel Mesoniscus alpicola, die Höhlenheuschrecke Troglophilus cavicola, Weberknechte und Spinnen, Tausendfüßler sowie einige Käfer- und Zweiflüglerarten
bekannt. Im Eingangsbereich überwintern die Schmetterlinge Zackeneule, Wegdornspanner und Tagpfauenauge.
Die bekanntesten Höhlengäste sind die Fledermäuse. Als Insektenfresser finden sie im Winter keine Nahrung und halten in der Höhle ihren Winterschlaf. Die schon seit 1942 durchgeführten Markierungsversuche ergaben, dass sie aus einem Umkreis von bis zu 30 km zur Überwinterung in die Höhle kommen und dass sie ein Alter von über 10 Jahren erreichen können. Die häufigste Art ist die "Kleine Hufeisennase", doch wurden insgesamt 14 Arten beobachtet. Durch die chemische Insektenbekämpfung hat die Anzahl der Tiere stark abgenommen, doch werden noch immer bis zu 700 gezählt. Alle Fledermausarten stehen unter strengem Naturschutz.